สานสัมพันธ์เขมร-ไทยสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น

สมัย ร.1 เหตุการณ์จลาจลในเขมรยังไม่สิ้นสุด พระราชวงศ์ของเขมรได้มาพำนักที่กรุงเทพฯ อีกทั้ง ร.1 ทรงรับนักองเองเป็นราชบุตรบุญธรรม เมื่อเหตุการณ์ในเขมรสงบลงจึงให้พระยาอภัยภูเบศร์ (แบน) เป็นผู้สำเร็จราชการกรุงเขมร ต่อมานักองเองได้เป็นกษัตริย์ ทรงพระนามว่า สมเด็จพระนารายณ์รามาธิบดี แล้วให้พระยาอภัยภูเบศร์ปกครองเขมรส่วนใน ได้แก่ พระตะบองดับเสียมราฐ โดยขึ้นตรงต่อไทยไม่ขึ้นต่อเขมร ต่อมานักองจัน (โอรสนักองเอง) ขึ้นครองราชย์สมบัติต่อจากพระราชบิดา ทรงพระนามว่า สมเด็จพระอุทัยราชาธิราช ในช่วงปลาย ร.1 และต้น ร.2 ของไทย สมเด็จพระอุทัยราชาธิราชไม่พอใจที่เขมรส่วนในขึ้นตรงต่อไทย จึงไม่มาถวายบังคมพระบรมศพด้วยพระองค์เอง อีกทั้งได้คบกับญวนเพื่อคานอำนาจกับไทย ทำให้ราชสำนักเขมรแบ่งออกเป็นสองฝ่าย คือ เขมรนิยมญวน กับ เขมรนิยมไทย ต่อมาพระอุทัยราชานำเขมรไปขึ้นกับญวนแต่ยังส่งเครื่องบรรณาการมายังไทย ในสมัย ร.3 สมเด็จพระอุทัยราชาธิราชทนญวนกดขี่ไม่ได้จึงขอพระราชทานอภัยโทษต่อ ร.3 พระองค์ก็ไม่ถือโทษโกรธเคืองแล้วเขมร จึงโปรดเกล้าฯ พระยาบดินทรเดชา (สิงห์ สิงหเสนีย์) ยกทัพไปปราบกบฏที่ไซ่ง่อน ทำให้เกิดสงครามยืดเยื้อ 10 กว่าปี จึงต้องทำสัญญาปกครองเขมรร่วมกัน